Доцент Стефан Андреев работи главно в областта на османската дипломатика, палеография, епиграфика, историческа география; филигранология. Има изследвания и върху категориите население със специални задължения към османската държава. Автор е на около 100 научни публикации - монографии, студии, статии, справочници, преводи от османотурски език, редакции и рецензии.
Преподавал е в Шуменски университет “Епископ Константин Преславски”; Славянски университет в София; Пловдивски университет “Паисий Хилендарски”; Висш ислямски институт в София.